Berbeza dengan penyakit-penyakit berjangkit yang lain yang diakibatkan oleh mikrob, agen jangkitan BSE ialah sejenis protein yang khusus. Protein-protein prion yang salah lipat merebak penyakit ini antara individu dan mengakibatkan otak semakin susut. BSE ialah sejenis ensefalopati spongiform berjangkit (TSE: transmissible spongiform encephalopathy) yang boleh muncul dalam haiwan-haiwan yang mempunyai sejenis alel prion mutan yang jarang didapati. Alel ini menyebabkan prion meliukkan diri dalam bentuk yang mengakibatkan penyakit. Bagaimanapun, kebanyakan TSE terjadi sekali-sekala dalam haiwan-haiwan yang tidak mempunyai mutasi protein prion.

Jangkitan boleh terjadi ketika haiwan-haiwan yang sihat makan tisu-tisu haiwan yang mempunyai penyakit BSE. Protein-protein mutasi dalam tisu haiwan kemudian mencacati protein prion sel otak yang asli dan ini pula mengakibatkannya mencacati protein yang lain dalam satu siri pertumbuhan eksponen. Protein-protein yang dicacati ini berkumpul untuk membentuk gentian-gentian plak padat yang kelihatan seolah-olah "lubang-lubang" pada otak di bawah mikroskop. Kejadian ini mengakibatkan kemerosotan keupayaan fizikal dan mental, dan akhirnya kematian. Sebilangan TSE dapat bertahan suhu-suhu keterlaluan dan tidak terjejas oleh disinfektan rumah tangga.